Diseño de marcadores moleculares para la detección en semillas del virus Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) por qPCR.

Abstract

El virus de Nueva Delhi del enrollamiento de la hoja del tomate, (ToLCNDV) (género Begomovirus, Familia Geminiviridae), infecta a especies de plantas de la familia de las solanáceas, y especialmente cucurbitáceas. Como para el resto de begomovirus, se considera que su transmisión se realiza mediante el insecto vector mosca blanca (Bemisia tabaci), sin embargo, estudios recientes indican que también se puede estar transmitiendo de forma vertical a través de semillas infectadas, lo que implicaría un cambio necesario en las estrategias de control frente a la dispersión del virus. Este trabajo propone un set de marcadores y sondas TaqMan, para la detección específica de ToLCNDV en semillas de tomate, mediante qPCR como una estrategia eficaz para el control de esta enfermedad. Para el diseño de los marcadores, se compararon 10 secuencias del virus y se seleccionó la región del genoma codificante para la proteína viral de la cápsida. En una primera prueba de sensibilidad, los marcadores diseñados fueron capaces de detectar hasta 1 semilla infectada con ToLCNDV en 1.000 semillas sanas. Además, en esta primera prueba, no se detectó señal de amplificación para TYLCV, un geminivirus próximo genéticamente a ToLCNDV, lo que indica la especificidad de los marcadores. Serán necesarios futuros trabajos para ajustar las condiciones de amplificación a fin de optimizar el rendimiento de la reacción.

The New Delhi tomato leaf curl virus, (ToLCNDV) (genus Begomovirus, Family Geminiviridae), infects plant species of the solanaceous family and especially cucurbits. As for the rest of begomoviruses, its transmission is considered to be carried out by the whitefly insect vector (Bemisia tabaci). However, recent studies indicate that it can also be transmitted vertically through infected seeds, which would imply a necessary change in the control strategies against the spread of the virus. This work proposes a set of TaqMan primers and probes for the specific detection of ToLCNDV in tomato seeds using qPCR as an effective strategy for the control of this disease. For the design of the markers, 10 virus sequences were compared and the coding region of the genome for the viral capsid protein was selected. In a first sensitivity test, the designed markers were able to detect up to 1 ToLCNDV-infected seed in 1.000 healthy seeds. Furthermore, in this first test, no amplification signal was detected for TYLCV, a geminivirus genetically close to ToLCNDV, which indicates the specificity of the markers. Future work will be necessary to adjust the amplification conditions with the purpose of optimize the reaction.