El criptojudaísmo y su derivación posterior en el marranismo han dado lugar a la existencia de dos corrientes historiográficas que plantean interpretaciones muy diferentes sobre la supervivencia de la religión judía y su práctica entre los judíos obligados a profesar externamente otra fe. La divergencia nace principalmente de la diferente consideración metodológica sobre la religión como categoría a tener en cuenta o no en la investigación histórica.