Generación de una colección de referencia del barcode genético de Tenebrionidae (Coleoptera) en las Islas Canarias

Abstract

El objetivo principal de este Trabajo de Fin de Grado es la creación de una base de datos de secuencias de ADN (fragmento barcode) para el grupo Tenebrionidae (Coleoptera) donde se incluirán las diferentes especies con las que se ha trabajado, para ello se utilizaron repositorios online de secuencias de barcode de ADN. Se empleó la colección de invertebrados identificados y conservados en alcohol del Departamento de Zoología de la Universidad de La Laguna, inicialmente conformada por 293 ejemplares de la familia Tenebrionidae. De todos ellos, se seleccionaron 95 individuos correspondientes a 14 géneros y se obtuvo la secuencia de ADN para el gen citocromo oxidasa subunidad 1 (COI) mediante PCR, la cual fue amplificada y posteriormente se secuenció. Una vez obtenida su secuencia se comparó con las secuencias de los repositorios online de las bases de datos BOLD y GenBank. A nivel de familia, en ambas bases de datos, la coincidencia era del 100%. A nivel de género y especie, la coincidencia oscilaba entre 90-95%. Hemos obtenido 70 nuevas secuencias en BOLD y 68 en GenBank. Este resultado se explica puesto que no hay datos representativos de las Islas Canarias, como consecuencia de que estudios anteriores no se secuencia la región COI del barcode, sino otro fragmento (Citocromo b). Por tanto a la hora de buscar en las bases de datos de BOLD y GenBank las identificaciones moleculares no coinciden con las taxonómicas.

The main objective of this Final Degree Project is to develop a database where the different species which we have worked with will be included. We will compare our sequences with online repositories of DNA barcode sequences. A collection of identified and alcohol - preserved invertebrates from the Departamento de Zoología de la Universidad de la Laguna was used, which initially was made up of 293 specimens from the Tenebrionidae family. From all of them, 95 specimens of 14 different genera were selected to obtain the DNA sequence for the cytochrome oxidase subunit 1 (COI) by PCR. A fragment of this mitochondrial gene was amplified and subsequently sequenced. The obtained sequences were compared with other sequences from online repositories in BOLD and GenBank databases. At the family clevel, there was a 100% of coincidence between the samples in both databases, although at genus and species level the coincidence between the samples ranged from t 90 to 95% of similarity. In this Final Degree Project, we obtained 70 new sequences not present in BOLD database, and 68 new sequences in GenBank database. This results can be explained because of the lack of representative data of this coleoptera Family in the Canary Islands, as a consequence of the use of the Cytochrome b fragment of the barcode instead of the COI region. Thus, it may explain why the molecular identifications do not match with the taxonomic ones when looking up in BOLD and GenBank databases