Estudio comparativo de soluciones comerciales para la extracción de ADN de saliva para la secuenciación completa de exomas.

Abstract

La secuenciación de nueva generación (NGS) está evolucionando constantemente en el panorama de la investigación biomédica. La secuenciación de exomas completos (Whole Exome Sequencing, WES) constituye una poderosa herramienta para detectar variaciones presentes en el ADN. Sin embargo, en la cavidad oral habitan múltiples microorganismos, lo que ha provocado que las muestras de saliva, como una solución no invasiva, no sean la fuente principal de ADN en estudios de secuenciación masiva. Por esta razón, el ADN extraído a partir de la sangre está siendo el método recurrente utilizado tanto en la investigación como en estudios clínicos. Actualmente se están utilizando métodos no invasivos, como muestras alternativas a la sangre, cuyos rendimientos de cantidad y calidad del ADN genómico son óptimos aplicados a estudios WES. Este estudio investiga el potencial de la saliva frente a muestras de sangre, empleadas aquí como controles, analizando los diferentes parámetros métricos de ADN genómico extraído a partir de la saliva. Los datos han sido procesados por el segundo superordenador más potente de España (Teide-HPC) localizado en las instalaciones del ITER y por otras herramientas bioinformáticas. Los resultados obtenidos muestran que el ADN procedente de las diferentes soluciones de saliva presentan datos de concentración e integridad óptimos para estudios WES. Sin embargo, los datos obtenidos a partir de saliva con una de las soluciones están en el rango de los valores obtenidos con las muestras de sangre.

Next Generation Sequencing (NGS) is continuously evolving in the biomedical research field. Whole Exome Sequencing (WES) is a powerful tool for detecting variations in DNA. However, multiple microorganisms inhabit the oral cavity, which has meant that saliva samples, as a non-invasive kit, are not the main source of DNA in massive sequencing studies. For this reason, DNA extracted from blood is being the systematic method used in both research and clinical studies. Non-invasive procedures are currently being used like alternative samples to blood whose yields of quantity and quality of genomic DNA are optimally applied to WES studies. This study investigates the potential of saliva against blood samples, used here as controls, analyzing the different metric parameters of genomic DNA extracted from saliva. The data has been processed by the second most powerful supercomputer in Spain (Teide-HPC) located at the ITER facilities and by other bioinformatics tools. The results showed that the DNA from the different saliva solutions present optimal concentration and integrity data for WES studies. However, the data obtained from one of the saliva kits is in the range of values ​​obtained with blood samples.