Herramienta de Gestión de Grafos de Variación para Bioinformática

Abstract

El objetivo de este proyecto de Bioinformática es el estudio de herramientas para la representación de las variaciones del genoma, así como el análisis y funciones de estas para obtener una formación en dicho ámbito. Para cubrir este objetivo se han desarrollado tres cuadernos el primer cuaderno arrancará la herramienta motor y común para todos los cuadernos llamada VG, la cual es una herramienta de generación y gestión de grafos de variación. Por otro lado, se abordará como interpretar estos datos y que sean lo más legibles posible para el usuario. Para ello se han preparado dos cuadernos más con dos herramientas de visualización de grafos de variación diferentes que son Sequence Tube Maps, la cual usa los gráficos de tipo tubería simulando las líneas de metro; y por otro lado MoMI-G, que usa tres tipos de representación: una circular, otra que utiliza Sequence Tube Map dentro de la propia aplicación y, para finalizar, una representación directa en nucleótidos basada también en Sequence Tube Map.

The aim of this Bioinformatics project is the study of tools for the representation of the variations of the genome as well as the analysis and functions of the same in arder to obtain training in this field. To cover this objective, three notebooks have been developed. The first notebook will start with the motor tool common to all the notebooks called VG, which is a tool for the generation and management of variation graphs. On the other hand, it will <leal with how to interpret these data and make them as readable as possible for the user. For this purpose, two more notebooks have been prepared with two different variation graph visualisation tools: Sequence Tube Maps, which uses pipetype graphs simulating metro lines; and MoMI-G, which uses three types of representation: a circular one, another one that uses Sequence Tube Map within the application itself and, finally, a direct representation in nucleotides also based on Sequence Tube Map.